Nació en Paraná, Entre Ríos, el 26 de noviembre de 1872. Se inscribió en Santa Catalina el 1° de abril de 1889. Su padre era Abdón Zabala y su madre Margarita A. de Zabala. Egresó de la Facultad de Agronomía y Veterinaria de La Plata en 1892, aprobando la tesis el 15 de junio de 1893. En ese año ganó el concurso para Inspector Veterinario Municipal de Mercados de Buenos Aires (Administración Sanitaria y Asistencia Pública). Al año siguiente volvió a triunfar en otro concurso, esta vez para Inspector Veterinario de los Antiguos Mataderos. Trabajaba entonces en la Asistencia Pública bajo la dirección del Dr. Julio Méndez, que estaba a cargo del Laboratorio Bacteriológico, siendo de ese año su primer trabajo científico referido al cólera de las gallinas.
También en 1894 fue nombrado en comisión junto a los Dres. Carlos G. Malbrán y Juan N. Murtagh para aplicar por vez primera la tuberculina en nuestro ganado.
En 1896 proyectó y organizó el seguro contra el decomiso de los animales enfermos en los mataderos. Fue el iniciador en el país de este tipo de seguro. También se debe a su obra el comienzo de la formación del Museo de Parasitología y de Anatomía Patológica de los Mataderos de Liniers. En esta dependencia oficial instaló el Laboratorio, invitando a los colegas al envío de material de estudio.
También en 1896 fue nombrado Jefe de la Inspección Veterinaria Municipal, cargo en el que permaneció hasta julio de 1915 en que se jubiló. Es importante recordar que hasta ese momento los servicios veterinarios dependían de la Inspección Técnica de Higiene y fue a consecuencia de la importancia creciente que concedió Zabala a sus funciones profesionales que aquellos terminaron independizándose. Como era de esperar Zabala fue designado su primer jefe, cargo que desempeñó ad honorem hasta 1903. A instancias suyas fue creado en 1897 un servicio sanitario de los tambos del municipio.
En 1899, siendo Director de la Asistencia Pública el Dr. Telémaco Susini, se creó a solicitud de Zabala el Servicio de Inspección Microscópica de la carne de cerdo o Inspección de Triquina. En este año pasó del laboratorio del Dr. Julio Méndez, donde trabajaba, al del Dr. Malbrán en la Dirección Nacional de Higiene, siendo Veterinario Auxiliar del Instituto de Bacteriología y Seroterapia en su Sección Veterinaria. Allí realizó trabajos sobre la viruela del cerdo, la piroplasmosis bovina y el mal de caderas; también preparó suero antiestreptocócico.
En 1901 fue designado Subdirector del Inst. Bacteriológico Nacional del Ministerio de Agricultura.
Desde 1904 fue Consejero Fundador del Instituto Superior de Agronomía y Veterinaria. Ya entre 1895 y 1897 fue Consejero de la Facultad de Agronomía y Veterinaria de La Plata. Al iniciarse los cursos estuvo frente a la cátedra de Patología General desde el 31 de marzo de 1906 (con 300 pesos de sueldo) hasta mediados de 1907 en que renunció. Fue Encargado en ejercicio desde el 25 de abril de 1908 hasta 1909 de Bacteriología. En 1910 obtiene por concurso el cargo de Profesor de Enfermedades Infecciosas en la Facultad de Agronomía y Veterinaria de Buenos Aires donde prosiguió hasta su muerte. Fue Consejero Académico de dicho claustro desde 1912 y en 1915-16 llegó a ser Vicedecano. Designado en 1917 representante de esa Facultad ante la Conferencia Nacional de Profilaxis Antituberculosa, efectuada en Córdoba. Fue el primer veterinario que formó parte del Consejo Superior de la Universidad de Buenos Aires, cargo en el que fue reconocido, como delegado suplente, el 2 de mayo de 1910.
Al Dr. Zabala también le cupo el honor de ser el primer veterinario argentino que integrara la Academia Nacional de Agronomía y Veterinaria, en este caso gracias a un decreto del 16 de octubre de 1909.
En marzo de 1907, siendo ya Jefe del Servicio Veterinario del Puerto, proyectó y elevó a la Inspección Técnica la reglamentación del servicio de Inspección Veterinaria. Fue el primer reglamento serio de sanidad animal que tuvo el país. Bajo su jefatura de la Inspección Técnica Veterinaria se creó en 1907 el Instituto de Observación de Vacas (donde eras tuberculinizadas semestralmente las hembras lecheras); se establecieron servicios sanitarios permanentes en las estaciones ferroviarias; en 1909 se organizó la Inspección de Mercados y Carnicerías y se inició la creación de la Sección Contralor de la Leche. La última obra de Zabala en esta función municipal fue la creación del Mercado Unico de Concentración General de Peces y Aves.
En 1908 fue vocal de la comisión encargada de estudiar la profilaxis de los quistes hidatídicos, incorporado el 26 de enero a pedido de los médicos que la integraban. Se acogió a los beneficios de la jubilación municipal a mediados de 1915, después de 23 años de labor.
Fue Secretario de la Sección de Policía Veterinaria, Enfermedades Contagiosas de los Animales y Medicina Veterinaria del Congreso Internacional Americano de Medicina e Higiene realizado en Buenos Aires con motivo de los festejos del Centenario en 1910. A propósito de este congreso recordamos que fue el único veterinario que participó en su Comité de Organización junto a las más prestigiosas figuras de la medicina nacional.
Fue colaborador de la Sociedad Rural Argentina en la organización de su Instituto Biológico y como su Director Honorario lo sorprendió la muerte. Pocos meses antes de fallecer, comprobó junto a los Dres. Rosenbusch y R. González, la existencia de la fiebre porcina en el país, descripta en 1900 por Vallejo, Scasso y Charles. Ya en 1901 había descripto junto a Otto Voges por primera vez en el país la queratitis infecciosa bovina. En 1917, junto a Rosenbusch y Maggio, señaló la existencia en nuestro medio de la viruela porcina y en ese año con el primero de los veterinarios mencionados estudió el gramillón o pasto dulce como causa del tembleque o chucho de los vacunos.
Fue uno de los socios fundadores de la Sociedad de Medicina Veterinaria y más tarde su presidente en el período comprendido entre el 31/7/1899 y el 26/5/1900 y entre el 11/4/1904 y el 31/3/1905.
Falleció en la madrugada del 21 de junio de 1919 cuando aun no había cumplido los 47 años de edad.
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1 Biografía de autor anónimo (ligeramente abreviada) titulada «Síntesis de la actuación profesional del Doctor Joaquín Zabala (1872-1919)» que obra en el legajo del Dr. Zabala en la Academia Nacional de Agronomía y Veterinaria.